CarrierFree®: γενωμική ανάλυση για την αποκάλυψη φορέων σοβαρών γενετικών νοσημάτων


Σε συνεργασία με την Genomis Ltd UK


Ανάλυση αλληλουχίας του DNA όλων των εξονίων~196 γονιδίων σχετιζόμενα με υπολειπόμενα γενετικά νοσήματα



Το γενωμικό test CarrierFree® αναλύει, μέσω μαζικής παράλληλης αλληλούχισης (massive parallel sequencing or next generation sequencing - NGS), το DNA 196 προσεκτικά επιλεγμένων γονιδίων, που σήμερα γνωρίζουμε να συνδέονται με διάφορα σοβαρά γενετικά νοσήματα κι ιδιαίτερα αυτά που κληρονομούνται κι εκφράζονται με τον υπολειπόμενο τρόπο. Υπολογίζεται ότι περίπου 1 στα 15 με 1 στα 20 άτομα είναι φορείς για κάποιο από τα πολλά γενετικά νοσήματα που ελέγχονται με το test CarrierFree®. Είναι βασικό να σημειωθεί ότι τους φορείς των γενετικών νοσημάτων που ελέγχει το test CarrierFree® δεν είναι δυνατό να τους υποψιαστούμε από πριν, αφού στη συντριπτική πλειοψηφία δεν υπάρχει προηγούμενο ιστορικό στην οικογένεια ούτε εκδηλώνουν κάποιο εύκολα αναγνωρίσιμο παθολογικό χαρακτηριστικό.

Ως εκ τούτου, ο σκοπός αυτού του γενωμικού test είναι να προσδιορισθεί κατά πόσο η/ο υποψήφιος γονέας είναι ανυποψίαστος, κατά τ' άλλα υγιής, φορέας οποιουδήποτε από τα >200 γενετικά νοσήματα, μέσω της ανίχνευσης παθολογικών γονιδιακών μεταλλάξεων (βλέπε λίστα γονιδίων και γενετικών νοσημάτων).

CARRIERFREE_DISEASE GENE LIST GREEK.pdf

Ένα θετικό αποτέλεσμα για την ύπαρξη γνωστής παθολογικής μετάλλαξης ή νέας υποχρεωτικά παθολογικής μετάλλαξης σε οποιοδήποτε μεμονωμένο γονίδιο (ή σε πολλαπλά γονίδια) παρέχει πολύτιμες πληροφορίες για τους αναπαραγωγικούς κινδύνους, ανάλογα πάντα με την αντίστοιχη κατάσταση φορέα του άλλου αναπαραγωγικού εταίρου-γονέα για το/τα ίδιο(α) γονίδιο(α), προλαμβάνοντας τη γέννηση ενός πάσχοντος παιδιού.

Επομένως, γνωρίζοντας από πριν τη κατάσταση φορέα για ένα μελλοντικό γονέα και μετά από τον έλεγχο του άλλου αναπαραγωγικού συντρόφου για το αντίστοιχο γονίδιο-νόσημα, επιτρέπει να αποκαλύπτουμε περιπτώσεις όπου και οι δυο μελλοντικοί γονείς είναι ανυποψίαστοι φορείς για το ίδιο γενετικό νόσημα, με αποτέλεσμα τότε να υπάρχει 25% κίνδυνος σε κάθε κύηση για τη γέννηση ενός σοβαρά πάσχοντος παιδιού.

Επομένως, η γνώση ύπαρξης μεταλλάξεων σε κοινά γονίδια σε δύο μελλοντικούς γονείς προσφέρει τη δυνατότητα αποτελεσματικών αναπαραγωγικών λύσεων, όπως ο προγεννητικός έλεγχος ή ο προεμφυτευτικός έλεγχος μέσω εξωσωματικής γονιμοποίησης, αποφεύγοντας έτσι την γέννηση πάσχοντος παιδιού.

Σε περιπτώσεις με παθολογικά αποτελέσματα, αυτά συνιστάται να συζητούνται και να αναλύονται στα πλαίσια εξειδικευμένης γενετικής συμβουλευτικής.


Ποια είναι τα κυριότερα νοσήματα που ελέγχει το test CarrierFree®;


Το test CarrierFree® ανιχνεύει ~95% των γενετικών βλαβών-παθολογικών μεταλλάξεων σε 196 γονίδια, που συνδέονται με πολλά σοβαρά υπολειπόμενα ή φυλοσύνδετα κληρονομικά νοσήματα, όπως:

  • β-μεσογειακή αναιμία,
  • κυστική ίνωση,
  • ~15 διαφορετικούς τύπους κωφαλαλίας,
  • ~120 νευρογενετικά-νευρολογικά νοσήματα, όπως είναι η μυϊκή δυστροφία Duchenne/Becker,
  • ~45 γενετικές παθήσεις των ματιών, όπως αμφιβληστροειδοπάθειες,
  • ~16 μεταβολικά νοσήματα,
  • ~95 σοβαρά παιδιατρικά νοσήματα, όπως το το σύνδρομο Smith-Lemli-Opitz, η πολυκυστική νόσος νεφρών νεογνικού τύπου, το σύνδρομο Zellweger, κ.α.

Ο αριθμός των ελεγχόμενων γονιδίων είναι δυνατό να αλλάζει, ανάλογα με την εξέλιξη της διεθνούς επιστημονικής γνώσης κι εμπειρίας.

Η εξέταση απαιτεί δείγμα βιολογικού υλικού από το εξεταζόμενο άτομο (π.χ. περιφερικό αίμα, παρέχεται σωληνάριο και kit αποστολής). Πριν από την εκτέλεση του test o/η εξεταζόμενος/η πρέπει να έχει ενημερωθεί κατάλληλα και να έχει υπογράψει τη σχετική δήλωση συναίνεσης στο παραπεμπτικό.

Το δείγμα αποστέλλεται στο εργαστήριο, όπου γίνεται η εξαγωγή DNA, ο εμπλουτισμός των εξονίων των περίπου 196 γονιδίων και η ανάλυση της αλληλουχίας του DNA με την μέθοδο NGS (Next Generation Sequencing). Οι αλληλουχίες χαρτογραφούνται σε σχέση με το πρότυπο ανθρώπινο γονιδίωμα και όλες οι αλλαγές-μεταλλάξεις εντοπίζονται και αξιολογούνται μέσω ειδικά ανεπτυγμένου λογισμικού βιοπληροφορικής.

Μόνο γνωστές παθολογικές μεταλλάξεις ή νέες υποχρεωτικά παθολογικές μεταλλάξεις (nonsense, frameshift, splice-site) θα αναφέρονται στην έκθεση αποτελεσμάτων, μαζί με μία κλινική αξιολόγηση και κλινική γενετική εκτίμηση.

Επίσης ελέγχεται με την τεχνική MLPA η πιθανή παρουσία ελλείψεων ή διπλασιασμών των γονιδίων SMN1 και DMD, που συνδέονται με τα γενετικά νοσήματα Spinal Muscular Atrophy ‐ SMA (OMIM 253300) και Duchenne/Becker muscular dystrophy (DMD/BMD ‐ OMIM 310200). Tέλος, στα θήλεα άτομα μόνο, εκτελείται κι έλεγχος φορέα για το σύνδρομο του Εύθραυστου Χ (FRAXA). Παράλληλα, το τεστ περιλαμβάνει την ανάλυση των χρωμοσωμάτων με κλασσικό καρυότυπο υψηλής διακριτικότητας, για την αποκάλυψη πιθανών δομικών χρωμοσωματικών ανωμαλιών-μετατοπίσεων σε κάποιον υγιή γονέα-φορέα (συχνότητα στο γενικό πληθυσμό περίπου 1/400 - 1/500 άτομα), που όμως είναι δυνατό να οδηγήσουν με αυξημένη πιθανότητα σε πάσχοντα παιδιά.

Τα περιστατικά με παθολογικά ευρήματα συζητούνται στα πλαίσια εξειδικευμένης γενετικής συμβουλευτικής.


Περιορισμοί του τεστ

Τα αποτελέσματα αξιολογούνται κι αναφέρονται με βάση τις τρέχουσες επιστημονικές γνώσεις.

Η ανάλυση των παραπάνω γονιδίων με τη συγκεκριμένη μεθοδολογία δεν καλύπτει υποχρεωτικά όλες τις πιθανές παθολογικές μεταλλάξεις του κάθε γονιδίου/νοσήματος.

Γενικά, καλύπτονται σε μεγάλο ποσοστό (~95%) μεταλλάξεις στα εξόνια‐κωδικοποιούσες περιοχές των γονιδίων, ενώ καλύπτονται πολύ λιγότερο έως καθόλου μεταλλάξεις στις μη‐κωδικοποιούσες περιοχές‐ιντρόνια.

Ένα αρνητικό αποτέλεσμα δεν αποκλείει τελείως την παρουσία μιας παθογόνου μετάλλαξης στους απογόνους, που μπορεί να προκύψει από σπάνια γεγονότα, όπως π.χ. μια de novo μετάλλαξη ή την παρουσία γοναδικού μωσαϊκισμού για μια μετάλλαξη σε κάποιο γονέα.


Χρόνος απάντησης: 3-4 εβδομάδες


Η InterGenetics έχει πιστοποιηθεί ως Ion Torrent™ Certified Service Provider for Ion AmpliSeq sequencing στην πλατφόρμα Ion Proton.